В 1843 находился в практических плаваниях в Черном море.

1.7.1844 вышел из Севастополя в Архипелаг в распоряжение русского посланника в Греции. Весной 1849 вернулся из Архипелага в Севастополь.

В 1850 вновь был послан в Архипелаг в распоряжение русского посланника в Греции, плавал по Средиземному морю. 22.3.1851 в Триесте бриг посетил австрийский император Франц Иосиф I. В ноябре 1851 -Эней- вернулся в Севастополь.

В 1852 с отрядом крейсировал у Кавказского побережья. 20.5.1853 в составе отряда вышел к пр-ву Босфор для наблюдения за турецким флотом.

Участвовал в Крымской войне 1853–1856. 29.10.1853 с эскадрой вице-адмирала В.А. Корнилова вышел из Севастополя к румелийскому берегу на поиск турецкого флота. 6 ноября в составе эскадры вице-адмирала П.С. Нахимова он остался в крейсерстве, пошел вдоль анатолийского берега. 11 ноября после обнаружения в Синопской бухте турецкой эскадры отправлен П.С. Нахимовым с донесением в Севастополь, куда прибыл 13ноября.

В феврале 1854 вошел в эскадру защиты Севастопольского рейда. 27.8.1855 затоплен при оставлении Севастополя русскими войсками.

В работе лейтенанта К.Климова -Материалы, современные Синопскому бою и обороне Севастополя-, изданной в 1903 г., со ссылкой на Архив штаба Черноморского флота и портов Черного моря (дело № 1749, арх. № 61 за 1853 г.)

приводятся такие данные о артиллерийском вооружении брига Эней в кампанию 1853 г.:

16 пушечный бриг "Эней": 2 чугунных 8-фунтовых пушки; одна чугунная 8-фунтовая карронада; 14 чугунных 18-фунтовых пушко-карронад, 1 чугунный 1-фунтовый фалконет — итого 18 орудий